Il XVI secolo fu un periodo di grande rinascita per Parigi quando François I spostò la sua residenza nella capitale: restaurò il vecchio palazzo del Louvre, cominciò i lavori per la costruzione della chiesa Saint-Eustache e l'Hôtel de Ville.
Aperta alle idee rinascimentali, la città conobbe un grande fervore intellettuale e culturale grazie al diffondersi della stampa e alla presenza di numerosi poeti e umanisti.
Ma fortemente cattolica, Parigi é fondamentalmente ostile alla Riforma: le passioni religiose divisero la città a partire dal 1534 tra cattolici e protestanti.
Il popolo massacra gli ugonotti alla Saint-Barthélemy nel 1572, forma una frangia di estremisti cattolici chiamata " la Ligue " e insorge violentemente quando il suo rappresentante principale, il duca de Guise, viene assassinato nel 1588, e proclama la disfatta di Henri III.

Henri IV entrò a Parigi soltanto dopo aver abiurato la sua fede protestante.
Fautori di una monarchia assoluta e centralizzata, i Borboni promossero l'abbellimento della città. Durante il suo regno all'inizio del XVII secolo, Henri IV continuò i lavori di rinnovamento del Louvre e il castello delle Tuileries iniziato da Caterina dei Medici.
Concluse la costruzione dell'Hotel de ville e il Pont Neuf, diffuse un nuovo modello omogeneo geometrico per la costruzione delle piazze, omogeneo con la Place des Vosges e la Place Dauphine. La rinascita culturale di Parigi si rafforza sotto Louis XIII che incentivò il processo di diffusione della stampa, creò il Jardin des Plantes e l'Académie française.
Louis XIII costruì delle nuove fortificazioni per permettere alla città di espandersi: nuovi quartieri presero il posto della campagna: il faubourg Saint-Honoré, l'île Saint-Louis, il Marais, il Faubourg Saint-Germain.

Louis XIV, il re Sole, spostò la residenza reale prima a Saint-Germain e poi a Versailles nel 1680. Con i suoi 500 000 abitanti, Parigi rimase comunque il centro focale della vita intellettuale e continuò ad abbellirsi: le costruzioni maestose ed eleganti continuarono a fiorire sotto la direzione di Colbert che fece appello ai grandi architetti come François Mansart e Claude Perrault. Alla fine del XVII secolo risalgono il colonnato del Louvre che segnò l'avvento dello stile classico in opposizione al barocco, les Invalides, l'Osservatorio, l'ospedale della Salpêtrière, le Porte Saint-Denis e Saint-Martin, place Vendôme e des Victoires, i giardini delle Tuileries.

Questa ricchezza e questo fasto architetturale contrastava fortemente con la povertà di una Parigi sovrappopolata. La sede del potere reale rimase Versailles fino alla fine dell'Ancien Régime. Questa distanza contribuì a rendere la monarchia lontana dai problemi del suo popolo.