La presenza della Senna dava un'importanza fondamentale al commercio parigino per via dei trasporti fluviali: nel 1170 la città aveva il monopolio di tutto il traffico fluviale tra Mantes e Corbeil.
Risale a quest'epoca la distinzione, ancora attuale, di Parigi: la città medievale si divise tra la riva destra che ne rappresentava il cuore commerciale (con il mercato des Halles) e la riva sinistra universitaria e intellettuale. La Cité rappresentava la sede del potere politico e religioso.
La tradizione intellettuale della riva sinistra risale al XII secolo quando alcuni insegnanti dissidenti della Cité vi si stabilirono: le regole e i limiti imposti dal cancelliere di Notre-Dame, che sorvegliava l'insegnamento spinsero alcuni professori a trasferirsi sulla riva sinistra per sfuggire alla sua autorità.

A partire dal 1250, una sessantina di atenei aprirono le loro porte. µ
Il più celebre è quello fondato nel 1257 Robert de Sorbon, che fu ricostruito nel XIX secolo.
L'università di Parigi divenne uno dei principali centri intellettuali della cristianità medievale.
Con i suoi 80 000 abitanti, Parigi divenne, nel XIII secolo, la più grande città dell'Europa cristiana.
Il XIV rappresenta un periodo nero per la città: la popolazione viene duramente messa alla prova dalla carestia del 1315-17 e dalla peste 1348-49.
La guerra dei Cento Anni tra la Francia e l'Inghilterra fa di Parigi un vero e proprio focolaio d'agitazione.

Nel 1356, Étienne Marcel guidò la famosa jacquerie, una rivolta popolare contro le ingenti tasse imposte alla popolazione per sovvenzionare l'esercito impegnato nel conflitto.
ll re Carlo V (1364-1380) costruì nuove fortificazioni per proteggersi contro gli inglesi: le mura di cinta vennero rinforzate grazie alla fortezza della Bastille e all'ingrandimento di quella del Louvre.
Nel 1420, la città é ancora occupata dagli inglesi dalla quale si libererà soltanto nel 1436. La pace e la prosperità ritornarono nella seconda metà del XV secolo, in un regno nuovamente unito.