Il giardino delle piante, sito nel V arrondissemement di Parigi e aperto al pubblico nel 1640, fa parte del Museo nazionale di storia naturale.
La sua creazione venne decisa sotto Luigi XIII nel 1626.
Vi si possono ammirare alberi molto antichi: una Robinia piantata nel 1636, un Ginko Biloba di 150 anni e il Sophora del Giappone, inviato a Bernard de Jussieu sottoforma di semi con l'etichetta albero cinese sconosciuto da un gesuita naturalista che abitava in Cina.
Venne piantato nel 1747 e fiorì per la prima volta trent'anni più tardi.

Il roseto piantato nel 1990, realizzato grazie al duro lavoro di un gruppo di orticultori, rappresenta una ricostruzione della storia della rosa attraverso 170 specie e varietà diverse.
Vi si possono osservare 180 specie di rose create in questi ultimi anni.
Nel giardino alpino, si trovano più di duemila piante di montagna provenienti da luoghi quantomai diversi come la Corsica, il Marocco, le Alpi e i Pirenei.

In stile art-déco, la serra è stata realizzata dall'architetto René Berger nel 1937 e comprende piante rampicanti, ficus, palme e banani.
La serra messicana, opera di Rohault de Fleury, raggruppa specie tipiche delle zone aride dell'America, Africa meridionale e Madagascar.
Anche la serra australiana è stata realizzata da Rohault de Fleury.
La ménagerie del giardino delle piante è il secondo parco zoologico più antico del mondo: questo spazio venne creato nel 1795 su iniziativa di Bernardin de Saint-Pierre che vi trasferì gli animali dello zoo reale di Versailles e di numerosi zoo privati.

Nel corso del tempo, lo zoo ha presentato una quantità innumerevole di specie animali, tra cui la prima giraffa presentata in Francia (1826), elefanti, orsi bruni e bianchi e foche.
Numerose costruzioni per ospitare gli animali sono state costruite tra il XIX e il XX secolo e hanno preso il posto di gabbie di scarsa fattura utilizzate fino a quel tempo.
La più riuscita di tutte queste opere è, senza dubbio la grande voliera, costruita per l'Esposizione Universale del 1888.

Intorno alla metà del XX secolo, lo zoo del giardino delle piante ha conosciuto una fase di declino, oscurato da parchi zoologici più moderni (Zoo di Vincennes, Parco di Thoiry), poi contestato dai movimenti animalisti e anti-zoos per le cattive condizioni in cui gli animali erano costretti a vivere.
E' a partire dagli anni '80 che una politica di recupero della ménagerie é stata attuata, con svariate opere di restauro che hanno permesso di risollevare la sua reputazione.
Gli animali di piccola e media taglia sono stati preferiti a quelli di grandi dimensioni: e così leoni, elefanti, tigri, orsi e giraffe hanno progressivamente abbandonato lo zoo tra gli anni 1970 e 2000.